Școala doctorală Ecumene funcționează prin colaborarea conducătorilor de doctorat de la Facultatea de Teologie Reformată și Facultatea de Teologie Romano-Catolică a Universității Babeș-Bolyai și oferă posibilitatea obținerii titlului de doctor în teologie.
Școala doctorală asigură formarea și cercetarea teologică într-un context ecumenic. Programul doctoral pregătește specialiști pentru învățământul teologic superior, respectiv conferă o formare teologică aprofundată pentru preoți/pastori, profesori de religie sau alți specialiști, implicați îndeosebi în consilierea pastorală.
Programul doctoral este deschis în principal absolvenților cu un masterat în teologie. În conformitate cu principiile procesului Bologna pot fi admiși în principiu și absolvenți cu un masterat în alte domenii ale științelor umaniste sau chiar în domeniul științelor exacte. Programul susține cercetarea interdisciplinară. Candidații provin din diferite confesiuni, din diverse medii ecleziastice sau profesionale. Programul este deschis atât laicilor, în particular profesorilor de religie, cât și preoților/pastorilor.
Studiile doctorale sunt organizate pe durata a 3 ani universitari și includ un program de pregătire bazat pe studii universitare avansate și un program individual de cercetare științifică, finalizat prin elaborarea unei teze de doctorat. Teza de doctorat trebuie să corespundă standardelor internaționale privind cercetarea și etica profesională și să aducă un aport original la cunoașterea temei de cercetate. Teza poate fi scrisă în una din limbile oficiale ale Universității Babeș-Bolyai, – română, maghiară sau germană, sau în altă limbă de circulație internațională.
Școala doctorală asigură de asemenea cadrul pentru abilitarea în teologie, ca precondiție a obținerii calității de conducător de doctorat.