Az Ökumené doktori iskolát a Babeș-Bolyai Tudományegyetem Református Tanárképző Kara és Római Katolikus Teológia Kara működteti. A doktori program a teológiai doktori fokozat (PhD) megszerzését teszi lehetővé.
A doktori iskola ökumenikus szellemben műveli a teológiai kutatást. A program az egyetemi oktatók, kutatók, lelkipásztorok, vallástanárok, tanácsadók és más szakemberek teológiai képzését biztosítja.
A doktori fokozat megszerzésének előfeltétele a teológiai mesteri fokozat vagy az annak megfelelő osztatlan képzés. A bolognai rendszernek megfelelően a doktori programot adott esetben olyanok is elvégezhetik, akik más humántudományok vagy akár a természettudományok területén szereztek MA-fokozatot. A doktori iskola támogatja az interdiszciplináris kutatást. A doktoranduszok különböző felekezeteket képviselnek, különböző egyházi vagy szakmai háttérrel rendelkeznek. A program nyitott világiak, különösképpen vallástanárok, illetve (leendő) lelkipásztorok előtt egyaránt.
A doktori képzés három éves. Ennek keretében az oktatást intenzív egyéni kutatás egészíti ki, amelynek végcélja a doktori disszertáció megírása. A disszertációnak meg kell felelnie a tudományos kutatás és a szakmai etika nemzetközi elvárásainak, és hozzá kell járulnia a kutatott terület mélyebb megértéséhez. A doktori dolgozatot a Babeș-Bolyai Tudományegyetem valamely hivatalos nyelvén, – románul, magyarul, németül, vagy más idegen nyelven lehet megírni.
A doktori iskola az egyetemi oktatók habilitációját is lehetővé teszi.